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第一条：为规范加工贸易进出口货物报关计算机管理的操作，根据《中华人民共和国 海关 法》和有关法规、规定制定本操作规范。
第二条：加工贸易进出口报关计算机管理操作规范涉及到报关、审单、查验、放行等环节和 报关单 核注。
第三条：本操作规范适用范围：加工贸易（包括来料加工、进料加工以及外商投资企业开展的加工贸易）合同项下，从境外进口料件（或从保税区、保税仓库中提取料件）、向境外出口产成品（或成品进入保税区、出口监管仓库）的进出口报关操作均适用于本规范。
第四条：总署规定的5000美元以下、78种客供辅料，因不核发《登记手册》，不适用本操作规范。
第五条：加工贸易合同项下进出口货物时，企业应按照《中华人民共和国 海关 进出口货物 报关单 填制规范》填写加工贸易进口或出口货物 报关单 。
1、报关单上“备案号”栏内应填写加工贸易《登记手册》号码；
2、一份报关单只能填报一本《登记手册》项下的进出口保税货物，不得用一份报关单同时申报数个《登记手册》项下的进出口保税货物；
3、企业所申报进出口货物的序号、品名、计量单位必须与 海关 备案核发的加工贸易《登记手册》上的进口料件或出口成品的序号、品名、计量单位一致。
第六条：若属异地报关备案资料传输的加工贸易合同，由于合同备案主管海关进行异地报关备案资料传输时可控制传输资料内容（详见《加工贸易异地报关备案资料计算机传输管理操作规范》的有关内容），计算机内报关备案资料与企业备案《登记手册》资料会产生不完全一致现象，海关审单人员在核对《登记手册》真伪时，对以下情况应视为正常现象：
1、计算机内备案资料中的有效期小于《登记手册》上标注的备案有效期；
2、计算机内备案资料中的进口料件或出口成品项数少于《登记手册》上标注的备案项数；
3、计算机内备案资料中的进口料件或出口成品数量少于《登记手册》上标注的备案数量。
第七条：海关人员在核对《登记手册》真伪时，对以下情况应视为异常现象：
1、计算机内备案资料中的有效期大于《登记手册》上标注的备案有效期；
2、计算机内备案资料中的进口料件或出口成品项数多于《登记手册》上标注的备案项数；
3、 计算机内备案资料中的进口料件或出口成品数量多于《登记手册》上标注的备案数量；
4、 计算机备案资料中的进口料件或出口成品与《登记手册》上的序号、品名、计量单位不一致。
第八条：使用加工贸易异地报关备案资料计算机传输后，由于计算机内合同备案资料对加工贸易《登记手册》起到了防伪、核对作用，为加快通关速度，各口岸海关根据计算机异地传输的备案资料验放加工贸易进出口保税货物，除第七条规定外，一般情况下不必向主管海关咨询、核对《登记手册》真伪。其他特殊情况确需核对《登记手册》真伪的，必须经口岸海关主管关长批准。
第九条：保税货物报关放行后，计算机自动建立加工贸易合同的进出口“底帐”。属本地报关的，计算机自动将报关单数据传输到加工贸易子系统中，对加工贸易《登记手册》的进口料件或出口成品数量进行核注，建立“底帐”；属异地报关的，口岸海关计算机通过卫星网络按报关单“备案号”（即《登记手册》编号）的第二至五位所属关区代码传回各合同主管海关，主管海关计算机自动接收报关单数据，并对加工贸易《登记手册》的进口料件或出口成品数量进行核注，建立 “底帐”。