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包箱费率（ＢｏｘＲａｔｅｓ）是各公司根据自身情况，按集装箱的类型制定的不同航线的包干运价，既包括集装箱海上运输费用，也包括在装、卸船港码头的费用。
包箱费率可分为两类，货物（或商品）包箱费率和均一包箱费率。前者是按货物的类别、级别和不同箱型规定的包箱费率，后者则不论货物的类别（危险品、冷藏货除外），只按箱型规定的包箱费率。后者费率定得较低，体现了船公司对货主托运整箱货的优惠，是各公司吸引集装箱货源的重要手段之一。
目前包箱费率主要有３种形式：
１．ＦＡＫ包箱费率ＦｒｅｉｇｈｔｆｏｒＡｌｌＫｉｎｄｓ。
这种包箱费率是对每一集装箱不细分箱内货物的货类级别，不计货量（当然是在重量限额以内），只按箱型统一规定的费率计费，也称为均一包箱费率。
采用这种费率时货物仅分普通货物、半危险货物、危险货物和冷藏货物４类。不同类的货物，不同尺度（２０ｆｔ／４０ｆｔ）的集装箱费率不同。
这种费率在激烈竞争形势下，受运输市场供求关系变化影响较大，变动也较为频繁。一般适用于短程特定航线的运输和以ＣＹ－ＣＹ，ＣＦＳ－ＣＹ方式交接的货物运输。
２．ＦＣＳ包箱率ＦｒｅｉｇｈｔｆｏｒＣｌａｓｓ。
这种费率是按不同货物种类和等级制定的包箱费率。在这种费率下，一般（如中远运价本）将货物分为普通货物、非危险化学品、半危险货物、危险货物和冷藏货物等几大类，其中普通货物与件杂货一样为１－２０级，各公司运价本中按货物种类、级别和箱型规定包箱费率。但集装箱货的费率级差要大大小于件杂货费率级差。一般来讲，等级低的低价货费率要高于传统件杂货费率，等级高的高价货费率要低于传统费率，同等级的货物按重量吨计费的运价高于按体积吨计费的运价。这也反映了船公司鼓励货主托运高价货和体积货。
使用这种费率计算运费时，先要根据货名查到等级，然后按货物大类等级、交接方式和集装箱尺度查表，即可得到每只集装箱相应的运费。
这种费率属于货物（或商品）包箱费率。中远运价本中，在中国－澳大利亚和中国－新西兰航线上采用这种费率形式。
３．ＦＣＢ包箱费率（ＦｒｅｉｇｈｔｆｏｒＣｌａｓｓａｎｄＢａｓｉｓ）。
ＦＣＢ包箱费率是指按不同货物的类别、等级（ｃｌａｓｓ）及计算标准（ｂａｓｉｓ）制定的包箱费率。在这种费率下，即使是装有同种货物的整箱货，当用重量吨或体积吨为计算单位（或标准）时，其包箱费率也是不同的。这是与ＦＣＳ费率的主要区别之处。
使用这种费率计算运费时，首先不仅要查清货物的类别等级，还要查明货物应按体积还是重量作为计算单位，然后按等级、计算标准及交接方式、集装箱类别查到每只集装箱的运费。
这种费率也属于货物（或商品）的包箱费率。中远运价本中在中国－卡拉奇等航线上采用这种费率形式。