一、保税仓库货物进口

货物入境后、货物所有人应向海关申报，填写进口货物报关单一式六份（留存一份、申报环节收二份、退三份给货主），附上进口合同或发票，先到主管保税仓库部门批注，同意进入保税仓库，并盖上“保税仓库货物”印戳，然后到申报环节报关，贸易方式应填写“保税仓库货物”，查难放行后，货物存入海关认定的保税仓库。并将货物的品名、数量、记入专帐。

如果保税仓库货物从异地口岸入境，货物所有人应向主管海关货管部门办理转关运输申请联系单，把货物转到所在地海关报关。

二、保税仓库货物出库

1、从保税仓库提取货物用于进料加工生产成品复进口时，经营单位应按照办理进料加工程序办理。首先填写“保税仓库领料核准单”，并附上出口合同，经主管保税仓库的部门批准后，然后凭出口合同，保税仓库领料单（视同进口合同）到经贸部门办理合同备案批件。

2、凭经贸部门的合同备案批件、出口合同、领料核准单到海关加工贸易备案部门办理加工贸易合同备案手续，到指定的中国银行开设保证金台帐后，海关签发手册。

3、凭加工贸易登记手册、保税仓库货物领料单，到申报环节报关，贸易方式应填写“进料加工”，与第一次报关入库的贸易方式不一样，这次报关后，不用查验放行，直接从保税仓库领料用于生产环节。

三、保税仓库货物的核销

保税仓库货物应按月向主管海关办理核销。经营单位于每月初五日前将上月所发生的保税仓库货物入库、出库、结存等情况列表报海关。并附经海关签放行章的进口报关单，及相应的发票，领料核准单及出库报关单，经核实无误后予以核销。并在一份报表上加盖“保税货物核销章”认可，退回经营单位留存。

四、加工贸易手册核销

合同执行完毕后一个月内，经营单位应持“登记手册、进出口报关单，料件使用情况表，向海关办理核销手续，海关签发核销结案通知单。出口到保税区货物退（免）税规定保税区外的生产企业和外贸企业以一般贸易方式通过保税区出口货物，将货物进入到保税区内的仓储、物流企业，对保税区外的出口企业按规定办理退税。

保税区内企业从区外收购货物出口的，对保税区内的企业按规定办理退税。