申请开办航空运输企业应办理如下手续：

1.经营国际航线业务的，由中国民用航空局审查，报国务院批准。

2.经营省际航线业务的，由中国民用航空局审查、批准。

3.经营省、自治区。直辖市境内线航线业务的，由各该省人民政府批准，报民航局备案。

4.开办航空运输企业，应当具备下列条件：

（1）有与所经营业务相适应的、持有民航局颁发的执照的空勤人员、航空器维修人员，有必要的经营管理人员；

（2）有与所经营业务相适应、经民航局登记注册。发给适航证件的航空器；

（3）有必需的经营资金；

（4）所使用的机场能够保证运营安全；

（5）航空器的维修设施能够保证适航要求。

5.提出开办航空运输企业的申请，应当包括下列内容：

（1）具备前条所列各项条件的证明文件；

（2）企业名称。代号、标志和主要营业机构所在地，经营航线、项目和范围；

（3）经济效益分析。

6.申请开办航空运输企业，经审查、批准、备案之后，由民航局发给经营许可证。航空运输企业应当持经营许可证，按照《工商企业登记管理条例》的规定，办理登记手续，领取营业执照，开办经营运输业务。

航空运输企业需要变更经营许可证登记项目时，应当报经民航局批准，并且应当按照《工商企业登记管理条例》的规定，办理相应手续。